2015-16 sezonundan sonra Fenerbahçe’nin başına ikinci kez getirilen Vitor Pereira, Süper Lig’de art arda alınan başarısız sonuçların ardından takımdan gönderildi. Lider Trabzonspor’un 14 puan gerisine düşülmesinin ardından yapılan açıklamada, “Kendisine bugüne kadar gösterdiği çaba ve çalışmalarından dolayı teşekkür eder, gelecek kariyerinde başarılar dileriz.” denilerek veda edildi. Fenerbahçe’yi 2015-2016 sezonunda da çalıştıran ve sezon başında ‘Yarım kalan hikayeyi tamamlamak’ istiyorum diyerek yeniden sarı-lacivertlilerle sözleşme imzalayan Portekizli menajerin, ikinci dönemi Aralık ayında sona erdi. Pereira, Süper Lig’de 17 haftalık periyot dikkate alındığında puan olarak ilk döneminin 12 puan gerisinde kaldı. Vitor Pereira, Fenerbahçe’deki ilk döneminde takımın başında çıktığı 17 maçta 40 puan toplarken rakip filelere 27 gol atıldı. Süper Lig’de bu sezon çıktığı 17 maçta 8 galibiyet, 4 beraberlik ve 5 mağlubiyet yaşayan Fenerbahçe, hanesine 28 puan yazdırdı. 